vendredi 28 mars 2014

Reporter les problèmes à hier plutôt qu'à demain









Matériel supplémentaire

Les ères géologiques sont des subdivisions de l'histoire de notre planète qu'on peut distinguer en examinant les couches successives de minéraux qui se trouvent sous nos pieds (ou qui se trouvent exposés sur la face d'une falaise). Les strates géologiques ont connu des conditions de sédimentation homogènes et similaires, ou présentent des fossiles spécifiques qui permettent de les identifier. Le Phanérozoïque, par exemple, une des divisions de l'histoire de notre planète, commence avec l'apparition des premiers fossiles à coquilles. Les géologues peuvent facilement, en examinant une falaise, pointer les couches de roc correspondant à telle ou telle époque (les époques les plus lointaines correspondant aux couches sédimentaires les plus profondément enfouies).

Un peu comme la géographie se divise d'abord en continents, puis en pays, puis en régions, notre histoire se divise d'abord en en éons, puis en ères, puis en périodes, puis en époques et finalement en étages. On fait d'habitude principalement référence aux périodes pour ce qui précède la disparition des dinosaures et aux époques pour ce qui la suit; les autres divisions sont davantage utiles aux spécialistes qu'au commun des mortels.

Les éons se divisent ainsi:

L'Hadéen, qui vit se former notre planète sous la forme d'une grosse masse incandescente de poussière cosmique en même temps que le reste du système solaire. On le place à il y a environ 4,6 milliards d'années.

Le Protérozoïque, au cours du quel la vie est d'abord apparue. (La vie est apparue très tôt, tout bien considéré)! Il va d'il y a 4 milliards à 635 millions d'années.

Depuis nous vivons dans le Phanérozoïque, qui vit apparaître la plupart des formes de vie avec lesquelles nous sommes familiers. De ce qui existait avant, comme la faune de l'édiacara, on ne sait malheureusement pas grand chose; leurs fossiles suggérant une allure gracile et fragile n'ont pas laissé beaucoup d'informations. Mais on peut encore se laisser fasciner par le mystère que ces créatures ont laissé!

Les ères du Phanérozoïque sont les suivantes: le Paléozoïque (542 à 251 millions d'années, commençant avec des organismes à coquille primitifs et se concluant avec le développement des premiers reptiles et des premières plantes complexes comme les conifères), le Mésozoïque (251 à 65 millions d'années, avec le développement de la faune terrestre et de tous les grands reptiles qui nous émerveillent encore; il se conclut avec la fin des dinosaures) et le Cénozoïque (65 millions d'années à aujourd'hui; c'est l'ère des mammifères).

La colonne géologique nous permettant de mettre une date approximative sur les fossiles qu'on y trouve enfouis, on constate aisément que les formes de vie changent avec le temps, à cause des différents mécanismes de l'évolution. Ces changements sont de différentes nature. Au sein d'un même groupe on verra des formes corporelles changer; des groupes se diviseront aussi pour donner naissance à des sous-groupes indépendants qui deviendront éventuellement qui un tyrannosaure, qui un poulet; on voit également, souvent, même, des lignées s'éteindre. En creusant le sol verticalement à la recherche de fossiles, on trouvera certaines formes qui occupent plusieurs étages... mais jamais tous les étages. Certains fossiles abondants dans les couches correspondant à une période s'étalant d'il y a 150 millions d'années à il y a 100 millions d'années disparaissent soudain dans les couches supérieures. C'est le signe qu'à partir d'il y a 100 millions d'années, ces créatures ont cessé d'exister.

De temps à autres, en certains de ces points signalant une extinction, on ne verra pas la fin d'une seule lignée mais bien de dizaines, de centaines, voire de milliers de types animaux ou végétaux. Ce sont des cas d'extinction massive, moments terribles ou pour une raison ou une autre les conditions sur la planète sont devenues brutalement impropres à la survie de nombreux animaux, plantes et autres êtres vivants. Il y a eu cinq principales extinctions massives, et plus d'un scientifique estime que nous sommes en train d'en vivre une nouvelle, à cause de l'activité humaine. La plus célèbre de ces extinctions massives est certainement celle qui a eu lieu à la jonction entre deux ères du Phanérozoïque: le Mésozoïque et le Cénozoïque dans lequel nous vivons encore. À une échelle de temps plus petite, cette transition a eu lieu entre deux périodes: le Crétacé (à la fin du Mésozoïque) et le Paléogène (au début du Cénozoïque). Comme le Paléogène, avec le Néogène, était jadis appelé "ère tertiaire", on fait encore souvent référence à la jonction Crétacé-Paléogène sous le nom de Crétacé-Tertiaire, ou K/T. Cette transition particulière est célèbre parce qu'elle a vu la fin de l'ère des dinosaures. On est à peu près convaincu qu'elle correspond à l'impact d'un astéroïde de plus de 10 km de diamètre qui nous aurait laissé le cratère de Chixculub au Mexique, ainsi que de nombreux indices suggérant un tel impact. Une mince couche très enrichie en iridium, un métal rare à la surface de notre planète mais plus fréquent dans les aérolithes, est en effet distribuée globalement dans la couche sédimentaire séparant le Crétacé du Paléogène; elle aurait été déposée là quand l'astéroïde a été pulvérisé, laissant choir ses débris un peu partout autour du monde.

L'extinction associe à la transition K/T n'est pas la seule, on l'a dit plus haut, ni même la plus importante. On compte cinq évènements majeurs d'extinction massive.

Il y a 434 millions d'années, la transition entre l'Ordovicien et le Silurien s'accompagna de la disparition de 60% de tous les genres marins ou terrestres.

L'extinction associée à la transition Dévonien-Carbonifère, il y a environ 360 millions d'années, fut relativement lente (s'étirant sur quelques millions d'années). Elle vit surtout disparaître la plus grande partie des coraux qui à l'époque étaient extrêmement abondants. (Le nom "Carbonifère" vient de ce que la plus grande partie du charbon de l'Europe de l'ouest provient des nombreuses plantes vivant à cette époque, plantes dont les restes riches en carbone ont été compressés dans le sol pendant des millions d'années).

L'extinction du Permien, qui est notre sujet ici, mena à la disparition de près de 95% de toutes les formes de vie marine. Ce fut la plus catastrophique des extinctions connues. 95% des formes vivantes!!! Le concept de décimation et le verbe décimer, utilisés par l'armée romaine qui tuait un soldat sur dix pour maintenir la discipline dans les rangs d'une troupe coupable de quelque manquement, semblent bien mièvres en comparaison.

La fin du Triassique vit la disparition de 80% des espèces terrestres et de 50% des invertébrés marins.

L'extinction du K/T élimina la plupart des dinosaures (seuls les oiseaux, qui sont les descendants directs de certains dinosaures, devaient leur survivre). Pratiquement aucun grand animal terrestre ne survécut, ce qui permit d'ouvrir la porte à l'âge des mammifères. (Les mammifères existaient en fait avant les dinosaures, mais ne pouvaient apparemment pas compétitioner avec eux).

Des recherches suggèrent que chaque extinction de masse s'est accompagnée d'une variation importante de la concentration de CO2 atmosphérique. Le CO2 a différents effets: nous savons qu'en tant que gaz à effet de serre il contribue au réchauffement de l'atmosphère et à des modfifications globales du climat et des courants marins, mais il cause aussi une acidification des eaux (parce que CO2 +H2O -> H2CO3, l'acide carbonique, et que cette acidification provoque la décalcification des coquilles des organismes marins. Rien de bien bon, comme vous pouvez le voir). Ceci, bien entendu, devrait nous faire dresser l'oreille en tant que conducteurs d'automobiles et grands épandeurs de CO2.

jeudi 27 mars 2014

Corrélation et causalité









Matériel supplémentaire

C'est un principe logique fondamental: corrélation n'égale pas causalité (cum hoc ergo propter hoc, dirait Bernard Landry). Il est tout à fait naturel, parce que c'est dans la nature humaine, de chercher à faire des liens entre deux observations disparates et à se demander s'il n'y a pas un lien entre les deux. Mais ce lien, toujours, doit être établi d'une façon contrôlée.

Allons-y d'un exemple. L'horoscope pour le signe du lion d'aujourd'hui nous informe de ce que les gens nés sous ces étoiles se sentiront "pleins d'énergie pour entreprendre de nouvelles choses". Bon, bon, bon. Outre le fait que ce genre de prédiction est extrêmement vague et que d'un journal à l'autre on ne présente pas les mêmes prédictions, prenons-le quand même au pied de la lettre. Il y a en ce moment 7 222 378 000 personnes sur Terre. En supposant que les naissances se distribuent grosso modo entre tous les mois de l'année, cela nous donnerait 602 000 000 personnes nées sous le signe du lion. Parmi ces personnes, il y en a certainement quelques-unes qui auront lu la prédiction présentée ci-haut. Et parmi ces lecteurs, il s'en trouvera qui se sentiront effectivement pleins d'énergie pour entreprendre de nouvelles choses aujourd'hui. Ces gens-là seraient certes justifiés de se dire "mince alors, quel astrologue de talent a écrit cet horoscope! Il y a une corrélation parfaite entre sa prédiction et ce que j'observe"!

Mais voilà, il ne suffit pas de faire une corrélation. Il faut ensuite voir si elle est solide. Dans ce cas-ci, il se trouvera beaucoup plus de gens ne se sentant pas particulièrement énergiques aujourd'hui que de gens se sentant prêts à grimper le K2; et si d'aventure un statisticien recensait le niveau d'énergie de tous les lecteurs d'horoscope et comparait leur état à la prédiction de l'horoscope, il établirait hors de tout doute que la corrélation entre la prédiction et le nombre d'individus se sentant effectivement énergiques aujourd'hui est extrêmement ténue, la plupart des lions ne se sentant en effet, au contraire de ce que disait l'horoscope, pas particulièrement énergiques.

En d'autres termes il ne suffit pas de présenter un cas, une anecdote, dix cas, dix anecdotes, mille cas, mille anecdotes, pour démontrer qu'une association entre deux variables est significative. Il faut montrer que cette association se produit plus souvent que ce que le simple hasard prédirait.

Un triste cas de mauvaise compréhension de la différence entre corrélation et causalité a depuis quelques années défrayé la manchette. Je parle ici de l'idée selon laquelle l'autisme serait provoqué par la vaccination, et particulièrement (initialement) par le vaccin triple contre la rougeole, la rubéole et les oreillons (dit "vaccin MMR"). Cette histoire ne relèverait que de l'anecdote populaire ("Seigneur, que ces mortels sont fous", dit Puck dans le songe d'une nuit d'été) si elle n'avait pas conduit un nombre important de personnes à mettre en doute l'efficacité de la vaccination et à refuser que leurs enfants ne soient immunisés (le fait que des starlettes et d'anciennes playgirls aient été très actives dans la propagation de ces élucubrations n'ayant certes pas aidé la situation). Encore heureux que la polio et la variole aient déjà été éliminés, mais même comme ça de nombreux enfants sont tombés malades inutilement et certains sont même décédés. Au début du XXIe siècle, la campagne de désinformation anti-vaccination avait provoqué au Royaume-Uni une baisse du taux de vaccination contre ces trois maladies, qui atteignait 92% en 1996 mais seulement 79% en 2003 (selon cette source). Cela devait se traduire par une augmentation de cas de maladie infantiles, comme on pouvait s'y attendre: 4 204 cas d'oreillons en 2003; 16 436 cas en 2004, et 56 390 en 2005. D'accord, une fois de plus corrélation n'implique pas causalité. Mais on a amplement démontré que (a) les oreillons sont causés par un virus; (b) les vaccins peuvent protéger contre plusieurs virus, en préparant à l'avance notre système immunitaire à les reconnaître, réduisant ainsi soit l'apparition de la maladie soit sa sévérité; (c) les gens vaccinés tombent moins malades que les gens non-vaccinés. Et c'est exactement ce qu'on observe ici.

Considérant que la vaccination a éliminé la variole de la surface de la Terre, preuve assez spectaculaire de son utilité, on peut se demander d'où est venue cette vague de méfiance qui remettait son efficacité en doute (parce que si à l'origine le mouvement ne se contentait que de faire un lien entre autisme et vaccination, l'irrationnel du genre humain avait eu tôt fait d'en venir à affirmer que la vaccination ne fonctionnait pas du tout, et était même le fruit d'une sinistre conspiration entre multinationales âpres au gain et décidées à empoisonner la planète, en collaboration avec des gouvernements dans la poche des compagnies pharmaceutiques et probablement de Satan en personne. Vous savez comment se propagent les légendes urbaines, et contre ces épidémies-là il n'y a pas de vaccin). Il semble qu'à l'origine du mouvement se soit trouvé un groupe de parents d'enfants atteints d'autisme, parents qui avaient fait un lien entre l'âge auquel l'autisme est souvent diagnostiqué (environ deux ans) et l'âge auquel les bébés reçoivent de nombreux vaccins. Ces parents avaient intenté un recours collectif contre les fabricants du vaccin MMR. Les avocats s'occupant de ce recours collectif, pour appuyer leur cause, avaient ensuite engagé des scientifiques pour démontrer de manière rigoureuse qu'un lien réel existait entre l'autisme et le vaccin.

En 1998, un article scientifique maintenant tristement célèbre était publié dans le prestigieux journal médical The Lancet; cet article établissait le lien recherché (faisant aussi le lien avec des maladies inflammatoires de l'intestin). Naturellement, comme cet article s'inscrivait en faux avec pratiquement toute la littérature scientifique, il fit l'effet d'un pavé dans la mare. Les résultats ne semblaient pas pouvoir être confirmés de façon indépendante, et devant les passions soulevées par le sujet, l'article et sa méthodologie firent l'objet d'une attention très inquisitive. Il s'avéra très rapidement que l'article présentait de graves problèmes de méthodologie et d'éthique, à tel point qu'il fut d'abord désavoué par dix de ses auteurs en 2004, puis rétracté entièrement par The Lancet en 2010. Il ne surprendra personne, probablement, d'apprendre que l'auteur principal de cette étude avait reçu des sommes importantes de la part de ses employeurs pressés d'obtenir des arguments scientifiques pour soutenir leur cause devant les tribunaux; on comprendra que cela conduit à un sérieux conflit d'intérêts. Pas surprenant que les résultats désirés aient été obtenus.

Malheureusement, même si tout l'édifice du lien entre autisme et vaccination s'est effondré avec la réalisation que cet article de 1998 était du flan, le mouvement était lancé et il se trouve maintenant une proportion non-négligeable de gens qui, irrationnellement, insistent sur l'existence d'un tel lien.

***

Les valeurs présentées ci-haut dans le graphique de Bob sont toutes exactes, pour autant que je puisse en juger d'après mes sources. Les chiffres sur la consommation de poulet viennent d'ici et ceux sur GM ont été calculés à partir de cet article. D'autres courbes similaires et également dépourvues de lien causal avec l'autisme (je suppose!) incluaient le nombre de maisons possédant un téléphone, la taille des hamburgers depuis 1950, le nombre de gauchers sur la planète et (avec une corrélation négative!) le nombre de fois qu'une équipe canadienne a gagné la coupe Stanley.